Летом 1869 года Джексон стал фотографировать строительство Объединенной тихоокеанской железной дороги. Его работа привлекла внимание Фердинанда Хэйдена организующего геологическую экспедицию для исследования таинственной земли под названием Йеллоустон (Yellowstone — желтый камень). Джексона пригласили участвовать в экспедиции, и он стал первым фотографом, зафиксировавшим чудеса Йеллоустона на фотопленку. В 1872 году был открыт Йеллоустонский национальный парк — и это в немалой степени заслуга фотографий Джексона.

В течение следующих нескольких лет Уильям Генри Джексон сопровождал геологические экспедиции по американскому западу. На его фотографиях американская и мировая общественность впервые увидела памятники природы, о которых ходили легенды.

В 1879 году Джексон открыл коммерческое фотоателье в Денвере (штат Колорадо). Он продолжал работать для железнодорожных компаний, фотографировал природные ландшафты. В 1880-х годах популярность его была необычайно высока, газеты называли его «лучшим ландшафтным фотографом Америки». В 1890-х годах Уильям Генри Джексон, наконец, осуществил свою детскую мечту — занялся живописью. Но и фотографию, приносившую ему весьма приличный доход, он не бросал практически до самой смерти. Его карьера фотографа — с 12 до 99 лет — по всей вероятности самая продолжительная за всю историю фотографии.